Jeden test, a sprawdzamy nim kilkanaście osób. Testy grupowe oszczędzają czas i pieniądze. Naukowcy z Instytutu Nenckiego PAN, we współpracy z Wydziałem Matematyki Uniwersytetu Warszawskiego oraz laboratoriami diagnostycznymi COVID-19 sanepidu i Uniwersytetu Medycznego w Łodzi, w ramach projektu SONAR Anty-CoronaVirus, opracowali procedury ich przeprowadzania przy użyciu dostępnych na rynku testów PCR.

Testowanie grupowe pozwala skutecznie walczyć z pandemią koronawirusa, poprzez umasowienie testów przesiewowych, dzięki którym łatwiej będzie zidentyfikować osoby zakażone, np. takie, które nie wykazują żadnych objawów.

– Jesteśmy gotowi do implementacji testowania grupowego. Nasze ustalenia działają, sprawdziliśmy je na 701 próbkach uzyskanych od pacjentów pozytywnie zdiagnozowanych na obecność wirusa SARS-CoV-2. Wyniki są jednoznaczne: testowanie zbiorowe jest odpowiedzią na zapotrzebowanie na powszechne testowanie – mówi kierownik projektu prof. Agnieszka Dobrzyń.

Przystępując do pracy, polscy naukowcy zakładali, że jednym testem można będzie sprawdzić pod kątem infekcji nawet kilkadziesiąt pacjentów. Faktycznie, badania wykazały, że przy nawet bardzo małym stężeniu wirusa w próbie, jest on wykrywalny testem zbiorowym w puli uzyskanej z połączenia 30 osób. Jednak szczegółowe analizy ujawniły, że jeśli uwzględnimy czas, niezbędny do wykrycia zakażonego oraz koszty, to największa grupa, którą warto zbadać jednym testem liczy 12 osób. Przy czym wielkość tej grupy zmienia się w zależności od odsetka osób zakażonych jaką notuje się w danej populacji.

– Dlatego też zaproponowaliśmy trzy różne sposoby grupowania. Jeśli jest to poniżej 2 proc. pojedynczy test wystarczy na 12 próbek. Od 2 do mniej niż 8 proc. wtedy wykorzystujemy test kratkowy 8 x 12 próbek, zaś od 8 do mniej niż 15 proc. wtedy stosujemy jeden test w na 4 osoby, natomiast powyżej 15 proc. zakażonych w populacji testy grupowe stają się nieopłacalne, badania indywidualne są lepsze – opowiada prof. Dobrzyń.

Testy zbiorowe są idealne do badań przesiewowych, pozwalających ustalić na ile wirus jest rozpowszechniony w danej populacji. – Zdecydowanie powinniśmy włączyć testowanie grupowe do podstawowej diagnostyki COVID-19, na pewno w takich populacjach, gdzie spodziewamy się niskich odsetków zakażonych, w poszczególnych firmach, fabrykach, uczelniach, szkołach i wszędzie tam, gdzie jest duża populacja ludzi, która musi przebywać w jednym pomieszczeniu – mówi prof. Dobrzyń.

Idealną grupą testową mogli by być np. studenci Uniwersytetów Medycznych.  – Muszą wrócić do zajęć praktycznych, bo nie da się nauczyć medycyny za pomocą wykładów online. Zanim wpuścimy ich do klinik, muszą przejść badania, żeby wyłapać zakażonych, potencjalnie niebezpiecznych dla innych – mówi prof. Dobrzyń.

W ramach projektu SONAR Anty-CoronaVirus naukowcy przebadali pod kątem skuteczności sześć dostępnych w Polsce testów PCR, wykrywających wirusa SARS-CoV-2. Na tej podstawie rekomendują dwa: opracowany w Poznaniu MediPAN i koreański DiaPlexQ.  Mają one bardzo wysoką czułość.

– Próbki, które nie dawały się jednoznacznie określić przy użyciu testowania zbiorowego, zawierały mniej niż dwie kopie wirusa. Mogły pochodzić np. od osób znajdujących się na samym początku infekcji albo kończących infekcję bezobjawową. Z moich obserwacji wynika jednak, że najbardziej rozcieńczone próbki stanowił nieumiejętnie pobrany materiał. Ten etap procedury można jednak łatwo usprawnić  – mówi prof. Dobrzyń.

Zespół badaczy z Instytutu Nenckiego PAN w najbliższym czasie rozpocznie badania pilotażowe na wybranych populacjach pracowników i studentów, które potwierdzą skuteczność opracowanych przez nich protokołów. W kolejnym etapie, testowanie grupowe będzie mogło być implementowane w całej Polsce.

Prof. Dobrzyń zgadza się z opinią dyrektora generalnego Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) Tedrosa Adhanoma Ghebreyesusa, że brak powszechnego testowania jest jak walka z ogniem z zawiązanymi oczami. „Teraz gasimy ogień tam, gdzie już wybuchł. A z powszechnym testowaniem ten pożar moglibyśmy gasić bardziej skutecznie, w zarodku, zanim się rozprzestrzeni” – podsumowuje prof. Dobrzyń.

Osoby kluczowe dla projektu SONAR Anty-CoronaVirus:

Kierownik Projektu – prof. dr hab. Agnieszka Dobrzyń, Dyrektor Instytutu Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN, kierownik Pracowni Sygnałów Komórkowych i Zaburzeń Metabolicznych, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, PAN

Koordynator ds. oszacowania czułości testów i opracowania protokołu do implementacji testowania grupowego w praktyce – Dr Aleksandra Pękowska, Kierownik Pracowni Biologii Chromatyny i Epigenomiki, Centrum Doskonałości Naukowej DIOSCURI, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, PAN

Koordynator ds. optymalizacji algorytmu do procedury testowania – Dr hab. Szymon Toruń, Szymon Toruńczyk – Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego

Zespół SONAR: Kinga Szydłowska (Instytut Nenckiego PAN), Maria Kendziorek (Instytut Nenckiego PAN), Karolina Hajdukiewicz (Instytut Nenckiego PAN), Aleksandra Piotrowska (Instytut Nenckiego PAN), Bartosz Klin (UW), Grzegorz Fabianski (UW), Anna Siewierska-Puchlerska (Sanepid), Ewa Gajda (Sanepid), Maciej Borowiec (Uniwersytet Medyczny w Łodzi), Magdalena Traczyk-Borszynska (Uniwersytet Medyczny w Łodzi)

Projekt SONAR Anty-CoronaVirus realizowany jest przy wsparciu środków Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz Ministerstwa Zdrowia.

Foto: Kuba Rodziewicz

Dr. Ali Jawaid is a new Group Leader at the Center of Neural Plasticity and Brain Disorders (BRAINCITY) of the Nencki Institute. He will be heading the research group ‘Translational Research in Neuropsychiatric Disorders (TREND).

Dr. Ali Jawaid’s research focuses on the interplay between epigenetic and metabolic factors in pathogenesis and inheritance of brain disorders. TREND lab aims to answer the critical question of how environmental exposures and life experiences; such as early life trauma, diet, and inflammation, give susceptibility to neuropsychiatric and neurodegenerative disorders and whether such susceptibilities are passed on to the offspring through brain-germline communication.

Dr. Ali Jawaid is an M.D.-Ph.D. with training in both clinical and basic neuroscience. An alumnus of Aga Khan University, Pakistan; Baylor College of Medicine, USA; and University of Zurich, Switzerland; He has published in top-tier scientific journals, such as Science, Nature Neuroscience, Neuron, and Nature Communications and has been a TEDx speaker. His work has been featured in Science magazine, BBC, Science Daily, Le Figaro, and Psychology Today.  He is a fiction author and poet outside of work and uses his social media for scientific advocacy.

Nencki Institute of Experimental Biology of the Polish Academy of Sciences in Warsaw invites applicants to participate in an open competition for the position of GROUP LEADER

We are seeking highly motivated scientists who have completed at least two years of post-doctoral training, have demonstrated outstanding scientific achievements and are ready to start their independent careers.

We offer employment in the leading Polish research institution in life sciences located on the largest Polish biomedical research campus in one of the most vibrant cities of Europe. The Nencki Institute is active in basic and translational research in the fields of molecular and cellular biology, biochemistry, neurophysiology and bioinformatics. The candidate’s scientific interests should fall within the research fields of the Nencki Institute.

The initial contract in this position will be for 5 years with the possibility of obtaining tenure at the Nencki Institute upon the successful review. A group leader will have full freedom to develop his/her own scientific projects and responsibility for forming and leading an independent research group. Appointment will include core funding and up to three group members as well as access to state-of-the-art research facilities.

Successful candidates are expected to:

• hold a doctorate or medical degree in a relevant discipline
• demonstrate outstanding research achievements
• present plans for an ambitious and competitive research program
• possess the leadership skills required to direct an independent research group
• exhibit openness to internal and external collaborations

Applications should include:

• curriculum vitae
• full list of peer-reviewed publications
• up to three experimental publications (pdf) with a brief explanation of their significance and the candidate’s contribution
• description of past accomplishments and future research plans (max. 5 pages)
• contact information to at least 3 referees

Application deadline: September 15, 2020

Applications should be sent to: group.leader@nencki.edu.pl

For additional information please contact Ms. Urszula Dziewulska:  u.dziewulska@nencki.edu.pl

The selection process will be conducted by the Recruitment Committee established by the Director of the Nencki Institute. Short-listed candidates with the highest score will be selected for personal interviews. Interviews will take place at the Nencki Institute in the second half of October 2020. The results of the competition will be announced in the end of November 2020.

Please include the following clause in your CV:

I give consent for my personal data included in the recruitment form to be processed by Nencki Institute of Experimental Biology PAS with its registered seat in Warsaw at Pasteur Street No. 3 (data controller) for the purposes of recruitment for post-doc position pursuant to Regulation (EU) 2016/679 of the European Parliament and of the Council of 27 April 2016 on the protection of natural persons with regard to the processing of personal data and on the free movement of such data, and repealing Directive 95/46/EC in compliance with a legal obligation to which the data controller is subject to (Art. 6 section 1 letter a) and the Act on personal data protection of 10 May 2018 (Journal of Laws of 2018, item 1000).

Additional information:

Information Clause

The Controller of data is Nencki Institute of Experimental Biology PAS with its registered seat in Warsaw at Pasteur Street No. 3. Contact Details of the Personal Data Protection Officer: iod@nencki.gov.pl

Personal data in the recruitment form is collected and will be processed only for the purposes of recruitment for  Group Leader position conducted by Nencki Institute of Experimental Biology PAS.

Giving consent for processing of your personal data is voluntary; however, it is necessary in order to take part in recruitment. I hereby state that I was informed about the right to withdraw my consent at any time. The withdrawal of the consent does not influence the lawfulness of any processing performed before the consent withdrawal.

Personal data collected in order to perform the recruitment process shall be processed throughout the period of time necessary for the organization and completion of the recruitment process, as well as for considering a possible complaint; however, not longer than up to 31.12.2020

Personal data will not be transferred to a third party.

You have the right to request the data controller for access to your personal data, to edit or limit its processing, as well as to raise an objection or transfer your data. You are also entitled to file a complaint to the supervisory body (President of the Office for Personal Data Protection).